Authors: Alharake, Jawad, Bidard, Frédérique, Aouam, Thiziri, Sénamaud-Beaufort, Catherine, Margeot, Antoine, Heiss-Blanquet, Senta
Contributors: IFP Energies nouvelles (IFPEN), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-INBS-0009,France Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010)
Superior Title: ISSN: 1471-2180 ; BMC Microbiology ; https://ifp.hal.science/hal-04403779 ; BMC Microbiology, 2023, 23 (1), pp.374. ⟨10.1186/s12866-023-03125-z⟩.
Subject Terms: Trichoderma reesei, Cellulases, Secretion, Secretion stress, UPR, Fungi, [CHIM.ORGA]Chemical Sciences/Organic chemistry
Relation: hal-04403779; https://ifp.hal.science/hal-04403779; https://ifp.hal.science/hal-04403779/document; https://ifp.hal.science/hal-04403779/file/Effect_res2.pdf
Authors: Roque, Tamiris, Delettre, Jérôme, Hardy, Nicolas, Nienow, Alvin, W, Augier, Frédéric, Ben Chaabane, Fadhel, Béal, Catherine
Contributors: IFP Energies nouvelles (IFPEN), Paris-Saclay Food and Bioproduct Engineering (SayFood), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Birmingham Birmingham
Superior Title: ISSN: 0009-2509 ; Chemical Engineering Science ; https://ifp.hal.science/hal-03137304 ; Chemical Engineering Science, 2021, 232, pp.116353. ⟨10.1016/j.ces.2020.116353⟩.
Subject Terms: Trichoderma reesei, cellulases, fluid dynamic stress, scale-up/scale-down, proteomic analysis, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering
Relation: hal-03137304; https://ifp.hal.science/hal-03137304; https://ifp.hal.science/hal-03137304v2/document; https://ifp.hal.science/hal-03137304v2/file/Manuscript%20Tamiris%20pour%20HAL.pdf
Authors: Gonçalves Roque, Tamiris
Contributors: IFP Energies nouvelles (IFPEN), AgroParisTech, Université Paris-Saclay, Fadhel Ben chaabane, Catherine Béal, Frédéric Augier
Superior Title: https://pastel.hal.science/tel-03945900 ; Biotechnologie. Université Paris-Saclay, 2022. Français. ⟨NNT : 2022UPASB062⟩.
Subject Terms: Trichoderma reesei, Cellulases, Scale-Down, Heterogeneities, Fluid dynamic stress, Hétérogénéités, Stress hydrodynamique, [INFO.INFO-BT]Computer Science [cs]/Biotechnology
Relation: NNT: 2022UPASB062; tel-03945900; https://pastel.hal.science/tel-03945900; https://pastel.hal.science/tel-03945900/document; https://pastel.hal.science/tel-03945900/file/pdffix_98IjBU4z.pdf
Authors: Dondelinger, Eve, Aubry, Nathalie, Ben Chaabane, Fadhel, Cohen, Celine, Tayeb, Jean, Rémond, Caroline
Contributors: Fractionnement des AgroRessources et Environnement (FARE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), IFP Energies nouvelles (IFPEN), OSEO Innovation (France)
Superior Title: EISSN: 2191-0855 ; AMB Express ; https://hal.science/hal-01338300 ; AMB Express, 2016, 6, pp.24. ⟨10.1186/s13568-016-0196-x⟩
Subject Terms: Biorefinery, Xylanase, β-xylosidase, Ethanol, Cellulase, β-Glucosidase, [CHIM.POLY]Chemical Sciences/Polymers, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology
Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/27001439; hal-01338300; https://hal.science/hal-01338300; https://hal.science/hal-01338300/document; https://hal.science/hal-01338300/file/0026026-03.pdf; PRODINRA: 353449; PUBMED: 27001439; WOS: 000373189100002
Authors: Lichius, Alexander, Bidard, Frédérique, Buchholz, Franziska, Le Crom, Stéphane, Martin, Joel, Schackwitz, Wendy, Austerlitz, Tina, Grigoriev, Igor V, Baker, Scott E, Margeot, Antoine, Seiboth, Bernhard, Kubicek, Christian P
Contributors: Research division biotechnology and microbiology, Institute of chemical engineering, Technische Univeritt Wien, IFP Energies nouvelles (IFPEN), GenomiqueENS (Genomique ENS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse des Données à Haut Débit en Génomique (ADHDG), Evolution Paris Seine, Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), US Department of energy, Joint genome institute, Walnut Creek, William R. Wiley Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL), Pacific Northwest National Laboratory (PNNL)
Superior Title: ISSN: 1471-2164 ; BMC Genomics ; https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01149671 ; BMC Genomics, 2015, 16 (1), pp.326. ⟨10.1186/s12864-015-1526-0⟩.
Subject Terms: Transcription factor shuttling, XYR1, Classical mutant, Comparative genomics, Cellulases, Indel, SNP, Single nucleotide polymorphism, Trichoderma reesei, QM9136, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN]
Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/25909478; hal-01149671; https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01149671; https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01149671/document; https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01149671/file/Lichius_2015_Genome_sequencing.pdf; PUBMED: 25909478
Authors: Poggi-Parodi, Dante, Bidard, Frédérique, Pirayre, Aurélie, Portnoy, Thomas, Blugeon, Corinne, Seiboth, Bernhard, Kubicek, Christian P, Le Crom, Stéphane, Margeot, Antoine
Contributors: IFP Energies nouvelles (IFPEN), Analyse des Données à Haut Débit en Génomique (ADHDG), Evolution Paris Seine, Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), GenomiqueENS (Genomique ENS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Research division biotechnology and microbiology, Institute of chemical engineering, Technische Univeritt Wien, Austrian center of Industrial biotechnology
Superior Title: ISSN: 1754-6834 ; Biotechnology for Biofuels ; https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01112360 ; Biotechnology for Biofuels, 2014, 7, pp.173. ⟨10.1186/s13068-014-0173-z⟩.
Subject Terms: Transcriptome, Cellulase, Systems biology, Fed-batch, Biofuels, Trichoderma reesei, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM]
Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/25550711; hal-01112360; https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01112360; https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01112360/document; https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01112360/file/Poggi-Parodi_2014_Kinetic.pdf; PUBMED: 25550711
Authors: Pirayre, Aurélie, Duval, Laurent, Blugeon, Corinne, Firmo, Cyril, Perrin, Sandrine, Jourdier, Etienne, Margeot, Antoine, Bidard, Frederique
Contributors: IFP Energies nouvelles (IFPEN), GenomiqueENS (Genomique ENS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-INBS-0009,France Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010)
Superior Title: ISSN: 1471-2164 ; BMC Genomics ; https://ifp.hal.science/hal-02805426 ; BMC Genomics, 2020, 21, pp.885. ⟨10.1186/s12864-020-07281-8⟩ ; https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-020-07281-8.
Subject Terms: Trichoderma reesei, carbon sources, cellulases, transcriptome, fed-batch fermentation, data science, Gene Regulatory Network, [INFO.INFO-BT]Computer Science [cs]/Biotechnology, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, [MATH.MATH-OC]Mathematics [math]/Optimization and Control [math.OC]
Relation: hal-02805426; https://ifp.hal.science/hal-02805426; PUBMEDCENTRAL: PMC7731781
Authors: Billard, Hélène, Faraj, Abdelaziz, Lopes Ferreira, Nicolas, Menir, Sandra, Heiss-Blanquet, Senta
Contributors: IFP Energies nouvelles (IFPEN)
Superior Title: ISSN: 1754-6834 ; Biotechnology for Biofuels ; https://hal.science/hal-03970072 ; Biotechnology for Biofuels, 2012, 5 (9), pp.1-13. ⟨10.1186/1754-6834-5-9⟩.
Subject Terms: Trichoderma reesei, cellulases, xylanase, wheat straw, enzymatic hydrolysis, experimental design, [SDV]Life Sciences [q-bio]
Relation: hal-03970072; https://hal.science/hal-03970072; https://hal.science/hal-03970072/document; https://hal.science/hal-03970072/file/1754-6834-5-9.pdf
Authors: Hardy, Nicolas, Béal, Catherine, Augier, Frédéric, Gonzalez-Penas, Helena, Moreaud, Maxime, Nienow, Alvin W., Ben Chaabane, Fadhel
Contributors: IFP Energies nouvelles (IFPEN), Génie et Microbiologie des Procédés Alimentaires (GMPA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Department of Chemical Engineering, Centre for Bioprocess Engineering, University of Birmingham Birmingham
Superior Title: Dechema Biotechnologies ; https://agroparistech.hal.science/hal-01544602 ; Dechema Biotechnologies, May 2015, Hamburg, Germany
Subject Terms: scale-down, scale-up, filamentous fungi, viscosity, cellulases, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SPI]Engineering Sciences [physics], [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering
Relation: hal-01544602; https://agroparistech.hal.science/hal-01544602
Availability: https://agroparistech.hal.science/hal-01544602
Authors: Gabelle, Jean-Christophe, Jourdier, E., Licht, R. B., Ben Chaabane, F., Henaut, I., Morchain, Jérôme, Augier, Frédéric
Contributors: IFP Energies nouvelles (IFPEN), Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), French Environment and Energy Management Agency (ADEME), IFP Energies Nouvelles
Superior Title: ISSN: 0009-2509 ; Chemical Engineering Science ; https://hal.science/hal-01268328 ; Chemical Engineering Science, 2012, 75, pp.408 - 417. ⟨10.1016/j.ces.2012.03.053⟩.
Subject Terms: Non-Newtonian fluids, Mass transfer, Bioreactors, Fermentation, Trichoderma reesei, PENICILLIUM-CHRYSOGENUM, MYCELIAL MORPHOLOGY, ASPERGILLUS-NIGER, BIOMASS CONCENTRATION, CELLULASE PRODUCTION, AGITATION INTENSITY, FERMENTATION BROTH, FILAMENTOUS FUNGI, PRODUCT FORMATION, OXYGEN, [SDV]Life Sciences [q-bio]
Relation: hal-01268328; https://hal.science/hal-01268328; PRODINRA: 214834; WOS: 000303826800044
Authors: Portnoy, Thomas, Margeot, Antoine, Seidl-Seiboth, Verena, Le Crom, Stéphane, Ben Chaabane, Fadhel, Linke, Rita, Seiboth, Bernhard, Kubicek, Christian
Contributors: GenomiqueENS (Genomique ENS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), IFP Energies nouvelles (IFPEN), Research Area Biotechnology and Microbiology, Vienna University of Technology = Technische Universität Wien (TU Wien)-Institute of Chemical Engineering, Austrian Center of Industrial Biotechnology, Vienna University of Technology = Technische Universität Wien (TU Wien)
Superior Title: ISSN: 1535-9778.
Subject Terms: MESH: Cellulase, MESH: Fungal Proteins, MESH: Galactose, MESH: Gene Expression Profiling, MESH: Gene Expression Regulation, Fungal, MESH: Glucose, MESH: Lactose, MESH: Transcription Factors, MESH: Trichoderma, MESH: Up-Regulation, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM]
Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/21169417; hal-02879336; https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02879336; PUBMED: 21169417; PUBMEDCENTRAL: PMC3067402
Authors: Le Crom, Stéphane, Schackwitz, Wendy, Pennacchio, Len, Magnuson, Jon, K., Culley, David, Collett, James, Martin, Joel, Druzhinina, Irina, Mathis, Hugues, Monot, Frédéric, Seiboth, Bernhard, Cherry, Barbara, Rey, Michaël, Berka, Randy, Kubicek, Christian, Baker, Scott, Margeot, Antoine
Contributors: GenomiqueENS (Genomique ENS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique moléculaire du développement, Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), US Department of Energy Joint Genome Institute, University of California (UC), US Department of Energy Joint BioEnergy Institute, Research Area Biotechnology and Microbiology, Vienna University of Technology = Technische Universität Wien (TU Wien)-Institute of Chemical Engineering, Max-Planck-Institut für Astrophysik (MPA), Max-Planck-Gesellschaft, IFP Energies nouvelles (IFPEN), Vienna University of Technology = Technische Universität Wien (TU Wien), Groupe de spectrométrie moléculaire et atmosphérique (GSMA), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Novozymes, Inc., Partenaires INRAE
Superior Title: ISSN: 0027-8424.
Subject Terms: MESH: Base Composition, MESH: Cellulase, MESH: Trichoderma, MESH: DNA, Fungal, MESH: Fungal Proteins, MESH: Genes, MESH: Genome, MESH: Mutation, MESH: Polymorphism, Single Nucleotide, MESH: Sequence Analysis, DNA, MESH: Species Specificity, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM]
Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/19805272; hal-02879345; https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02879345; PUBMED: 19805272; PUBMEDCENTRAL: PMC2752593
Authors: Jourdier, Etienne
Contributors: Institut Pascal (IP), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), IFP Energies nouvelles (IFPEN), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, Christian Larroche
Superior Title: https://theses.hal.science/tel-04034248 ; Autre. Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2012. Français. ⟨NNT : 2012CLF22264⟩.
Subject Terms: Trichoderma reesei, Lignocellulose, Feedstocks, Biorefinery, Cellulase, Metabolism, Industrial production, Modelling, Yield, Productivity, Oxygen demand, Inhibitory compounds, Lignocellulosic hydrolyzates, Scale-up, Biomasse, Bioraffinerie, Métabolisme, Production industrielle, Modélisation, Rendement, Productivité, Besoin en oxygène, Inhibiteurs, Hydrolysats lignocellulosiques, Extrapolation, [SPI.OTHER]Engineering Sciences [physics]/Other
Relation: NNT: 2012CLF22264; tel-04034248; https://theses.hal.science/tel-04034248; https://theses.hal.science/tel-04034248/document; https://theses.hal.science/tel-04034248/file/Jourdier-2012CLF22264-nondiff.pdf